本場前身為設立於民國五十八年之「澎湖縣藻類種苗培育中心」，當時以推廣澎湖縣紫菜養殖為目標，直至民國七十七年始正式成立「澎湖縣水產種苗繁殖場」，並於民國100年進行場區改建，興建『種苗生產暨海洋生態教育..